1.44 là thiết kế của Phòng thiết kế Mikoyan, nó được ví như giấy thông hành vào chương trình MFI, viết tắt của Многофункциональный Фронтовой Истребитель (Mnogofounksionalni Frontovoi Istrebitel - Máy bay tiêm kích tiền tuyến đa năng) của Nga, (một chương trình được khởi xướng từ thập niên 1980, tương tự như chương trình Máy bay chiến đấu chiến thuật tiên tiến của Hoa Kỳ). Nó được thiết kế để cạnh tranh với loại F-22 Raptor của hãng Lockheed Martin Mỹ. Nhiều tính năng thiết kế của nó tương tự như các tính năng thấy ở các máy bay tiêm kích thế hệ thứ năm của phương tây, gồm động cơ đẩy vec-tơ, tốc độ hành trình siêu âm và hệ thống điện tử hiện đại. Nhìn lại lịch sử phát triển, MiG-39 chỉ là một máy bay thử nghiệm công nghệ và nghiên cứu cho những mẫu thiết kế tương lai, chứ thực sự không phải một máy bay chiến đấu để giành ưu thế không chiến.

MiG-39 luôn được che phủ bởi lớp màn sương huyền bí trong suốt quãng thời gian tồn tại của nó. Chính phủ Nga đã huỷ bỏ chương trình MFI năm 1997 vì giá thành quá cao của loại máy bay này (Ф2.05 tỷ RUR, 70 triệu dollar). Quá trình phát triển tiếp tục khi chuyến bay thử nghiệm diễn ra ngày 29 tháng 2 năm 2000 và hai chuyến bay tiếp theo được phê chuẩn vào năm 2001. Khi Nga huỷ bỏ chương trình MFI, chương trình PAK FA (Перспективный Авиационный Комплекс Фронтовой Авиации - Perspektivnyi Aviatsionnyi Kompleks Frontovoi Aviatsyi - Tổ hợp hàng không tương lai cho Không quân chiến thuật) được phê chuẩn để phát triển một loại máy bay có vai trò tương tự như loại F-22 Raptor, nhưng với kích cỡ và giá thành tương đương loại F-35 Lightning II.

Năm 2001, Ấn Độ đồng ý tham gia chương trình phát triển/sản xuất PAK FA và biến nó trở thành một liên doanh giữa hai quốc gia. Cả Mikoyan và Sukhoi đều đề xuất các ý tưởng về chương trình PAK FA cho Bộ quốc phòng (MiG đưa ra Dự án 1.44 nâng cấp), nhưng Bộ quốc phòng Nga đã lựa chọn Phòng thiết kế Sukhoi làm nhà thầu chính cho máy bay chiến đấu PAK FA. Công việc thiết kế bắt đầu với ý tưởng từ nguyên mẫu thử nghiệm cánh cụp ngược bắt nguồn từ loại máy bay thử nghiệm Su-47 Berkut của Sukhoi. PAK FA đã chứng minh là một chương trình đầy tham vọng, với kế hoạch bắt đầu sản xuất máy bay chiến đấu PAK FA từ năm 2010. MiG-MAPO và Yakovlev cũng được liệt kê vào danh sách các nhà thầu thứ hai. MiG 39 hiện đang là mẫu thực nghiệm kỹ thuật cho chương trình PAK FA. Loại máy bay PAK FA hiện đang phát triển sẽ sử dụng cùng kiểu động cơ Lyulka AL-41F của chiếc MiG 39. Các chi tiết khác chưa được tiết lộ.